Da bi se nekoj osobi mogao odrediti istražni zatvor moraju za to biti ispunjene pretpostavke određene Zakonom o kaznenom postupku.
Prvenstveno mora postojati osnovana sumnja da je osoba počinila kazneno djelo. Kao drugo, mora postojati jedan od posebnih istražno-zatvorskih razloga i to konkretno jedan od sljedećih razloga:
1) osoba je u bijegu ili osobite okolnosti upućuju na opasnost da će pobjeći (krije se, ne može se utvrditi njezina istovjetnost i slično),
2) osobite okolnosti upućuju na opasnost da će osoba uništiti, sakriti, izmijeniti ili krivotvoriti dokaze ili tragove važne za kazneni postupak ili da će ometati kazneni postupak utjecajem na svjedoke, vještake, sudionike ili prikrivače,
3) osobite okolnosti upućuju na opasnost da će osoba ponoviti kazneno djelo ili da će dovršiti pokušano kazneno djelo, ili da će počiniti teže kazneno djelo za koje je prema zakonu moguće izreći kaznu zatvora od pet godina ili težu kaznu, kojim prijeti,
4) je istražni zatvor nužan radi neometanog odvijanja postupka za kazneno djelo za koje je propisana kazna dugotrajnog zatvora i kod kojeg su okolnosti počinjenja kaznenog djela posebno teške,
5) okrivljenik koji je uredno pozvan izbjegava doći na raspravu.
Navedena dva uvjeta moraju biti kumulativno ispunjena da bi nadležni sud donio rješenje o određivanju istražnog zatvora, a u kojem rješenju moraju točno, određeno i potpuno biti navedene činjenice i dokazi iz kojih proizlazi osnovana sumnja u počinjenje kaznenog djela, ali također i obrazloženje iz kojeg razloga sud smatra da se svrha istražnog zatvora ne može ostvariti nekom drugom blažom mjerom.
Dakle, sud koji donosi odluku o istražnom zatvoru, mora voditi računa o tome da je istražni zatvor najstroža mjera kojom se osobi oduzima sloboda te uvijek prvo treba razmotriti postoje li određene druge, blaže mjere, koje ne bi u tolikoj mjeri bile tegotne za okrivljenika, ali da se istima može postići ista ona svrha koja se postiže i samim istražnim zatvorom; primjerice može li se takvom mjerom spriječiti okrivljenika od bijega, od utjecaja na svjedoke ili pak može li se takvom mjerom spriječiti opasnost od ponavljanja kaznenog djela.
Sud kada odlučuje hoće li prema okrivljeniku primijeniti mjere opreza ili ipak istražni zatvor, mora voditi računa i o potrebama žrtve, žrtvi bliskih osoba i potrebama njihove zaštite. Dakle, i samo je mišljenje žrtve važno kod donošenje odluke o oduzimanju slobode okrivljenika.
Mjere opreza su brojne te su primjenjive u različitim situacijama, ovisno o vrsti počinjenog kaznenog djela kao i obzirom na to koji od istražno-zatvorskih razloga postoji kod okrivljenika. Primjerice ako se želi spriječiti okrivljenika od utjecaja na svjedoke može mu se izreći mjera zabrane približavanja određenoj osobi ili zabrana uspostavljanja ili održavanja veze s određenom osobom.
Ako pak postoji opasnost od bijega okrivljenika može mu se privremeno oduzeti putna ili druga isprava za prijelaz državne granice uz obvezu javljanja u određeno vrijeme određenog dana u policijsku postaju.
Postoje i brojne druge mjere opreza propisane Zakonom o kaznenom postupku, pa tako recimo postoji i mjera zabrane obavljanja određene poslovne aktivnosti ako je primjerice kazneno djelo počinjeno u okviru djelovanja pravne osobe, mjere privremenog oduzimanja dozvole za upravljanje motornim vozilom, mjera zabrane pristupa internetu i dr.
Sud ima vrlo težak zadatak prilikom donošenja odluke o tome u kojem će smjeru donijeti odluku, ali u svakom slučaju svako kršenje bilo koje od mjere opreza će rezultirati zamjenom mjere opreza određivanjem istražnog zatvora pa su iste uglavnom efikasne i ostvaruju svrhu.
